Sau cuộc Minh Trị Duy Tân, Chính quyền Minh Trị Nhật Bản giải thể Vương quốc Lưu Cầu, chính thức sáp nhập quần đảo này vào Nhật Bản thành tỉnh Okinawa năm 1879. Các sứ giả của nhà vua Lưu Cầu đã phủ phục suốt ba ngày bên ngoài dinh tể tướng ở Bắc Kinh để nài xin cứu giúp, nhưng khi ấy nhà Thanh đã suy yếu bởi các cuộc xâm lăng của liên quân tám nước phương Tây và cả đế quốc Nhật Bản; do đó lời khẩn cầu gửi quân cứu giúp đã bị khước từ. Dù vậy, Trung Hoa phản đối về mặt ngoại giao và cựu Tổng thống Hoa Kỳ Ulysses S. Grant được yêu cầu đứng ra phân xử. Grant cho rằng quyền sáp nhập quần đảo của Nhật Bản là hợp lẽ và đưa ra phán quyết thuận lợi cho Nhật mà không quan tâm đến quyền tự chủ của người dân Lưu Cầu. Khi tiến hành sáp nhập, quân đội Nhật ra tay ám sát những chính trị gia Lưu Cầu chống đối. Nhóm đảo Amami-Ōshima đã được sáp nhập vào phiên Satsuma từ trước, nay trở thành một phần của tỉnh Kagoshima. Vua Shō Tai, vị vua cuối cùng của Lưu Cầu, được chuyển đến Tokyo và được phong làm Hầu tước (xem Kazoku), cũng như nhiều quý tộc người Nhật khác, và qua đời ở đó năm 1901. Trẻ em Lưu Cầu bị bắt buộc hấp thụ nền giáo dục Nhật với các giáo trình về Nhật ngữ, văn hoá và bản sắc Nhật, cùng lúc người dân bị nghiêm cấm sử dụng ngôn ngữ bản địa. Tuy nhiên, nhiều vấn đề phát sinh từ lịch sử vẫn chưa hề được giải quyết cho đến tận thời hiện tại. Có nhiều người Ryūkyū và người Nhật cảm thấy người Ryūkyū không phải là người Nhật "chính hiệu". Một số cư dân Ryūkyū cho rằng chính quyền trung ương đã kỳ thị dân bản địa bằng cách cho phép quân đội Mỹ đến lập căn cứ tại Okinawa trong khi hạn chế tối đa sự hiện diện của binh sĩ Mỹ trên 4 hòn đảo chính của Nhật.